Ernani,
Você chegou a abrir chamado na SAP sobre esta questão?
Tenho a mesma situação aqui: algumas notas são autorizadas na SEFAZ e monitor J1BNFE, porém na J1B3N o status fica como "Aguardando resposta".
Ou seja, na tabela J_1BNFDOC o docstat está vazio, enquanto que na tabela J_1BNFE_ACTIVE o docsta está como 1 "Autorizado".
Se tiver algum retorno da SAP, por favor me atualize.
Obrigada,
Juliana Birckan