Hola Darío/Rafael,
Nosotros también timbramos sin problemas los recibos de PTU, te anexo un ejemplo de la sección COMPLEMENTO del archivo XML:
-<cfdi:Complemento>
-<nomina:Nomina Version="1.1" TipoRegimen="2" SalarioBaseCotApor="100" RegistroPatronal="XYZ" PeriodicidadPago="Semanal" NumSeguridadSocial="3333333333333" NumEmpleado="16000" NumDiasPagados="1.0" FechaPago="2014-06-17" FechaInicioRelLaboral="2013-05-10" FechaInicialPago="2014-06-17" FechaFinalPago="2014-06-17" CURP="XYZ" xmlns:nomina="http://www.sat.gob.mx/nomina">
-<nomina:Percepciones TotalGravado="0.0" TotalExento="1200">
<nomina:Percepcion TipoPercepcion="003" ImporteGravado="0.0" ImporteExento="1200" Concepto="Participación de los Trabajadores en las Utilidades PTU" Clave="003"/></nomina:Percepciones>
</nomina:Nomina>
</cfdi:Complemento>
Sugiero revisar el error con el proveedor de timbrado (PAC).
Saludos!
Juany